L’unica controindicazione alla somministrazione del vaccino anti-HPV 9-valente è l’ipersensibilità a uno o più dei principi attivi o ad uno qualsiasi degli eccipienti elencati nella scheda tecnica.

La vaccinazione deve essere rimandata nei soggetti affetti da malattie febbrili acute gravi. Tuttavia, la presenza di un'infezione minore, come una lieve infezione del tratto respiratorio superiore o febbre bassa, non è una controindicazione all'esecuzione del vaccino (immunizzazione).